Als erstes, mein Beileid, ich lehne in der Familie mittlerweile jeglichen Support für Samsung Smartphones ab, es ist einfach nur anstrengend. 
Bei der Google App werden meine drei Konten (Whatsapp, zwei Google) angezeigt und korrekt zusammengefügt. Die Option nur Sim-Kontakte anzuzeigen, finde ich allerdings auch nicht mehr.
Hast du deine Kontakte mit Google synchronisiert? Falls ja, vielleicht mal auf dem Telefon alle löschen und neu aus Google importieren. Eventuell synchronisiert das Radio auch deine Kontakte, inkl. Sim-Kontakte.
Ich würde auch Whatsapp nicht Berechtigung entziehen, weil die eigentlich korrekt mit der Standard-Kontakte-App funktioniert 